En 1892, se formó la primera Comisión de los Monumentos Nacionales en el seno del Ministerio de Obras Públicas, bajo la presidencia inicial de Possidónio da Silva, ya con edad avanzada, pasando rápidamente el liderazgo a Luciano Cordeiro. Aunque no integraba el grupo inicial, al volver de Madrid, Ramalho fue rápidamente integrado en los trabajos de la Comisión, comenzando entonces una prolífica redacción de dictámenes técnicos, algunos de los cuales con bastante impacto. Entre estos dictámenes se destacaba uno sobre el Monasterio de Batalha y las obras allí realizadas. Lo que había comenzado como un informe técnico se transformó en una reflexión mucho más amplia—casi una meditación filosófica—sobre el estado de los monumentos nacionales y las actitudes tomadas hasta el momento para su conservación. Este dictamen daría origen a El Culto del Arte en Portugal, publicado en 1896 y dedicado a la Comisión de los Monumentos Nacionales. Para Ramalho, Batalha no era apenas otro caso de mala gestión patrimonial—era el ejemplo paradigmático del desastre nacional, el símbolo perfecto de todo lo que estaba equivocado en la relación de los portugueses con su herencia cultural. Las obras de restauración realizadas en el monasterio entre 1840 y 1900 constituían, en su análisis implacable, "un auténtico desastre, no solo por los innumerables errores cometidos, fruto de la ignorancia e incompetencia de quienes las habían ejecutado, sino también y, principalmente, por no haber obedecido a un plan de conjunto." La finalidad de Ramalho al detenerse tan demoradamente sobre este ejemplo no era "enumerar todos los errores y viles desfiguraciones cometidos en las obras de restauración del monumento, ni siquiera hacer la crítica de dichas restauraciones y de los planes seguidos." Su objetivo era más profundo: procuraba demostrar "por medio de algunos hechos característicos y capitales, que en las restauraciones emprendidas tanto en ese como en los demás monumentos arquitectónicos recientemente reparados a expensas del Estado", no habría habido "ni antecedencia de programa, ni un estudio previo, ni determinación de método, ni sanción crítica, ni fiscalización técnica, ni policía artística de especie alguna"—elementos tan necesarios y elementales que nunca deberían haber sido omitidos. El monasterio funcionaba, así, como metáfora arquitectónica del espíritu portugués. Si Batalha era, en las palabras de Ramalho, "el gran libro de mármol, el inmortal poema, la Divina Comedia portuguesa, la triunfante afirmación de la nacionalidad independiente", entonces su abandono era síntoma de la pérdida de esa misma independencia espiritual, de esa capacidad de reconocimiento de sí mismo que define a una nación. El "espejo del alma nacional" reflejaba ahora una imagen desenfocada, dañada por las manos incompetentes que en él habían tocado.