Em 1892, formara-se a primeira Comissão dos Monumentos Nacionais no seio do Ministério das Obras Públicas, sob a presidência inicial de Possidónio da Silva, já com idade avançada, passando rapidamente a liderança para Luciano Cordeiro. Embora não integrasse o grupo inicial, ao voltar de Madrid, Ramalho foi rapidamente integrado nos trabalhos da Comissão, começando então uma profícua redacção de pareceres técnicos, alguns dos quais com bastante impacto. Entre estes pareceres destacava-se um sobre o Mosteiro da Batalha e as obras ali realizadas. O que começara como um relatório técnico transformou-se numa reflexão muito mais ampla — quase uma meditação filosófica — sobre o estado dos monumentos nacionais e as atitudes tomadas até ao momento para a sua conservação. Este parecer daria origem a O Culto da Arte em Portugal, publicado em 1896 e dedicado à Comissão dos Monumentos Nacionais. Para Ramalho, a Batalha não era apenas mais um caso de má gestão patrimonial — era o exemplo paradigmático do desastre nacional, o símbolo perfeito de tudo o que estava errado na relação dos portugueses com a sua herança cultural. As obras de restauro realizadas no mosteiro entre 1840 e 1900 constituíam, na sua análise implacável, "um autêntico desastre, não só pelos inúmeros erros cometidos, fruto da ignorância e incompetência de quem as havia executado, mas também e, principalmente, por não terem obedecido a um plano de conjunto". A finalidade de Ramalho ao deter-se tão demoradamente sobre este exemplo não era "enumerar todos os erros e vis deturpações cometidos nas obras de restauro do monumento, nem sequer fazer a crítica das ditas restaurações e dos planos seguidos". O seu objectivo era mais profundo: procurava demonstrar "por meio de alguns factos característicos e capitais, que nas restaurações empreendidas tanto nesse como nos demais monumentos arquitectónicos recentemente reparados a expensas do Estado", não teria havido "nem antecedência de programa, nem um estudo prévio, nem determinação de método, nem sanção crítica, nem fiscalização técnica, nem polícia artística de espécie alguma" — elementos tão necessários e elementares que nunca deveriam ter sido omitidos. O mosteiro funcionava, assim, como metáfora arquitectónica do espírito português. Se a Batalha era, nas palavras de Ramalho, "o grande livro de mármore, o imortal poema, a Divina Comédia portuguesa, a triunfante afirmação da nacionalidade independente", então o seu abandono era sintoma da perda dessa mesma independência espiritual, dessa capacidade de reconhecimento de si próprio que define uma nação. O "espelho da alma nacional" reflectia agora uma imagem desfocada, danificada pelas mãos incompetentes que nele haviam tocado.